我國年滿12歲且身高140公分以上之有戶籍國民持「中華民國護照」或「臺灣地區入出境許可證（金馬證）」（持金馬證者，僅限於金門水頭商港使用）即可免費辦理註冊。註冊方式如下：
1、閘道自助註冊（無需事先註冊）：申請者至自動通關閘道前使用護照進行掃描讀取，於閘道螢幕點選同意錄存臉部影像或再擷取雙手指紋（指紋為自願錄存項目，非必要項目），閘門開啟後，即可同時人貌比對及註冊，註冊及通關時間大約30秒。
2、人工註冊（需事先註冊）：申請者事先至人工註冊櫃檯，向移民官出示護照後，錄存申請者臉部影像或雙手指紋（指紋為自願錄存項目，非必要項目），於申請書上簽名確認即完成註冊，註冊時間大約1分鐘，完成後再至閘道通關。
開放特定外來人口亦能使用本系統，不同身分註冊所需證件如下：
1、臺灣地區無戶籍國民 :持有臺灣地區居留證、臨人字號入國許可、單次入國許可證（港澳）、多次入國許可證或臨時入國許可證之一。
2、香港或澳門居民具居留身分且取得臺灣地區居留入出境證。
3、大陸地區人民：經核發長期居留證及多次出入境證、依親居留證及多次出入境證。
4、外國人：
4.1 經核發多次重入國許可，且持外僑居留證、外僑永久居留證、就業PASS卡或就業金卡之一。
4.2 持有外交部核發之外交官員證。
5、全球入境計畫美籍公民：經我國審核通過成為自動查驗通關會員，持晶片護照申請。
6、開放信賴韓籍、澳籍、義大利籍、德國籍及新加坡籍旅客：持晶片護照申請。