一、人員留用及歸系事宜：
1.人員留用部分：仍應由改制後之直轄市政府依現職公務人員之資格條件妥為安置，不宜留用；如擬予留用，亦以特殊例外情形為限，屆時並視個案再行研議處理。
2.暫准歸系部分：於配合組織調整移撥安置人員時，應由機關依現職人員所具資格條件妥為配置，如移撥安置人員確無移撥後職務應歸入職系之任用資格，亦無其他適當職務可資調派，於敘明理由後，其職務歸系得考量以暫歸之權宜措施處理。
二、待遇保障事宜：
查公務人員加給給與辦法（以下簡稱加給辦法）第5條之1規定：「（第1項）配合機關精簡、整併、改隸、改制或裁撤等組織調整，所任新職所支技術或專業加給較原支數額為低者，准予補足差額，其差額並隨同待遇調整而併銷。（第2項）前項人員由主管職務調整非主管職務者，不再支領主管職務加給。但新職所支技術或專業加給數額較原支技術或專業加給及主管職務加給之合計數額為低者，准予補足差額，其差額並隨同待遇調整而併銷。……。」另銓敘部本年5月12日部銓二字第0993199688號函略以，依地方行政機關組織準則之規定，縣（市）政府改制直轄市政府後，其機關組織地位提昇且員額增加，與機關組設係裁減情形不同，又直轄市政府、縣（市）政府均屬地方行政機關，爰縣（市）政府改制直轄市政府後，該政府及所屬機關仍為地方行政機關，非屬加給辦法第5條之1所稱之機關「改制」。惟本次縣（市）政府於進行組織調整之過程，倘發生加給辦法第5條之1所稱機關精簡、整併、改隸或裁撤等情形時，其人員待遇得依該規定辦理。
三、優惠退離事宜：
1.如有辦理優惠退離之需要，得準用行政院令頒之「行政院及所屬各級機關精簡人員優惠退離辦法」規定辦理。
2.另地方機關準用上開優惠退離辦法辦理優惠退離所擬訂之精簡計畫，其核定權責部分，依行政院本年4月23日院授人給字第0990062046號函規定，屬直轄市、縣（市）政府者，由直轄市、縣（市）政府自行核定後，並送行政院備查；屬直轄市、縣（市）政府所屬機關者，由直轄市、縣（市）政府依權責核定；屬鄉（鎮、市）公所者，由縣（市）政府核定；屬直轄市、縣（市）議會者，由直轄市、縣（市）議會自行核定後，並送行政院備查；屬鄉（鎮、市）民代表會者，由鄉（鎮、市）民代表會自行核定後，並送縣（市）政府備查。
四、考績作業事宜：
99年度考績作業請各改制縣市於改制前全部完成。考績委員會委員之任期，依銓敘部本年3月10日部銓一字第0993166811號函釋，酌予延長任期至99年12月24日止。
五、專長轉換訓練事宜：
將來縣市改制直轄市後，如有辦理專長轉換訓練之必要，行政院人事行政局願意協調所屬公務人力發展中心、地方行政研習中心以及相關訓練機構配合辦理。
六、訂定年度訓練進修計畫及訓練進修補助標準：
請各改制縣（市）政府預為因應，於改制完成後，妥為訂定年度訓練進修計畫及相關事項。