內政部為統籌並協調中央相關機關辦理改制直轄市相關作業，於98年9月23日邀集各相關部會成立「縣市改制直轄市中央籌劃小組」，其任務為：（一）協調中央相關機關處理核定改制之直轄市、縣（市）所提出改制相關疑義。（二）督導並協助核定改制之直轄市、縣（市）辦理相關機關（構）、學校，於改制後組織變更、業務調整、人員移撥、財產移轉、自治法規之處理、改制後預算編制及執行等事項。（三）督導並協助核定改制直轄市之直轄市政府、縣（市）政府，及各該議會辦理各項改制作業事項。（四）統籌、協調其他有關改制直轄市相關事項。
「縣市改制直轄市中央籌劃小組」下設9個分組：
（一）秘書分組：由內政部負責。
（二）組織調整分組：由內政部召集銓敘部、行政院人事行政局、行政院研究發展考核委員會組成。
（三）法規整備分組：由行政院法規委員會召集內政部、法務部組成。
（四）財政分組：由財政部負責。
（五）預算分組：由行政院主計處負責。
（六）財產處理分組：由內政部召集財政部組成。
（七）業務功能調整分組：由行政院研究發展考核委員會召集內政部、行政院法規委員會及中央相關機關組成。
（八）人員權益保障分組：由行政院人事行政局召集銓敘部、內政部組成。
（九）資訊檔案分組：由行政院研究發展考核委員會召集中央相關機關組成。各改制縣（市）亦成立「改制作業小組」，辦理各項改制事宜。
註：
1.行政院法規委員會已於101年1月1日組織改造為「行政院法規會」。
2.行政院主計處已於101年2月6日組織改造為「行政院主計總處」。
3.行政院人事行政局已於101年2月6日組織改造為「行政院人事行政總處」。
4.行政院研究發展考核委員會已於103年1月22日組織改造為「國家發展委員會」
組織圖：