行政院組織法於民國101年1月1日施行，為落實性別平等，負責國家發展各領域之性別平等政策規劃、協調、推動事項，行政院成立專責性別平等推動單位性別平等處，同日內政部社會司婦女科之性別平等及行政院婦女權益促進委員會幕僚業務隨同併入行政院性別平等處。
民國102年7月23日為建構完善的福利照護及醫療保健體制，行政院下設衛生福利部，內政部社會司福利服務、社會救助、社會保險及國民年金監理會、家庭暴力及性侵害防治委員會、兒童局及北區老人之家等14個社政機關等業務併入或改隷衛生福利部。
民國102年8月21日總統公布警政署、役政署、移民署、建築研究所、空中勤務總隊等5個機關(構)組織法，其中役政署、建築研究所組織法於民國102年9月1日施行，警政署、空中勤務總隊組織法於民國103年1月1日施行、移民署組織法於民國104年1月2日施行。
民國104年12月底內政部設有秘書室、民政司、戶政司、地政司、合作及人民團體司籌備處、總務司、人事處、政風處、會計處、統計處、法規委員會、訴願審議委員會及資訊中心，下轄警政署、營建署、消防署、役政署、移民署、中央警察大學、建築研究所、空中勤務總隊等8個所屬一級機關（構），以及警政署刑事警察局等35個所屬二級機關及學校。
民國106年6月14日修正發布內政部組織法第18條條文有關副首長人數規定，將政務次長人數1人修正為2人，常務次長人數2人修正為1人。行政院定自民國107年6月1日施行。
民國112年6月9日修正公布內政部組織法，行政院定自民國112年9月20日施行。內政部組織調整後，設綜合規劃司、民政司、戶政司、地政司、宗教及禮制司、合作及人民團體司、役政司、資訊服務司等8個業務單位，秘書處、人事處、政風處、會計處、統計處、法制處等6個輔助單位與替代役訓練及管理中心，合計15個內部一級單位。下設警政署、消防署、移民署、國土管理署、國家公園署等5個中央三級機關，建築研究所、空中勤務總隊等2個中央三級機構及中央警察大學。