民國38年12月奉令遷臺，民國39年2月復將合作司併入社會司，戶政司併入民政司，旋於民國43年3月再回復戶政司。民國44年9月為加強兵役行政增設役政司。民國45年4月調查局改隷司法行政部。民國51年6月增設出版事業管理處。民國57年11月設秘書室、安全室、公共關係室、敵情研究室。民國58年藥品供應處裁撤，同年10月成立研究發展考核處，另傷殘重建院及大陸榮家於民國59年裁撤併入行政院國軍退除役官兵輔導委員會。民國60年3月衛生司擴編為衛生署直隸行政院，麻醉藥品經理處隨同改隸。
民國61年7月警政司擴編為警政署，仍隸內政部，民國62年1月復設營建司，同年7月出版事業管理處裁併行政院新聞局。同年依行政院規定辦理健全組織功能，為期精簡，行政單位計將安全室併入人事處，研究發展考核處、敵情研究室、公共關係室及總動員小組併入秘書室。
民國70年3月由於政治安定，經濟不斷發展，營建業務益形繁重，將營建司擴編為營建署，掌理全國營建行政業務。另為應職業訓練之迫切需要，將原勞工司之職業訓練、技能檢定及就業輔導3科合併改設職業訓練局，同時為利用電子處理繁雜之地籍資料俾臺灣地區測量成果獲得妥善保管與運用，同月25日成立地政資料中心。民國75年1月為積極推動內政資訊工作，加強為民服務，將地政資料中心改制為資訊中心。同年著作權審定委員會更名為著作權委員會。
民國76年8月政府為加強保障勞工權益、增進勞工福祉、提昇中央勞工行政單位之權責與層次，行政院成立勞工委員會，將內政部勞工司、職業訓練局暨其所屬4個職訓中心均隨同改隸該會。
民國81年9月16日依據政風機構人員設置條例規定，增列政風處，掌理本部政風法令之擬訂、宣導、預防貪瀆不法事件及政風考核、公務機密維護等事項。
民國84年1月因業務急遽增加，且附屬機關不斷成立，增置常務次長一人。
民國84年3月1日為簡化警察業務、順應世界潮流、提昇救護品質、促使消防正常發展，將消防組織自警察體系劃出，成立消防署，並以預防災害、災害搶救及緊急救護等消防工作為主要任務。
民國84年10月30日權衡我國當前建築發展狀況，因欠缺前瞻性與整體性規劃，致使法令政策與社會發展脫節，建築管理無法落實，都市問題日趨嚴重，影響國家總體建設甚鉅，為徹底解決諸多建築難題，成立建築研究所，積極規劃辦理全國建築研究、發展、推廣、資訊服務及材料設備檢驗等工作。
民國84年12月20日為建立完整之警察教育體系，提高我國警察學術水準，及中央警官學校在國際警察教育與學術之地位，將該校改制為中央警察大學，以研究高深警察學術，培養警察專門人才為主要任務。
民國86年5月為防治性侵害犯罪及保護被害人權益，依當時性侵害犯罪防治法第5條規定，設性侵害防治委員會；民國88年4月為防治家庭暴力行為及保護被害人權益，依當時家庭暴力防治法第6條規定，設家庭暴力防治委員會。
民國88年1月26日配合行政院「全面貫徹保護智慧財產權行政綱領」，於經濟部下設智慧財產權專責機關之政策指示，將中央標準局專利、商標業務與內政部著作權委員會之著作權業務整併，以統一事權，健全智慧財產權之保護，成立經濟部智慧財產局，內政部於同日裁撤著作權委員會。