民國88年7月配合臺灣省政府功能業務與組織調整，原臺灣省政府民政廳、地政處暨所屬土地測量局及土地重劃工程局、兵役處、社會處暨所屬合作事業管理處、省立桃園、臺中、高雄育幼院、臺北、屏東、花蓮、澎湖、彰化仁愛之家、仁愛習藝中心、雲林教養院、臺南教養院、南投啟智教養院、彰化老人養護中心、宜蘭教養院籌備處、古坑教養院籌備處、社會福利工作人員研習中心，分別併入戶政司、民政司、地政司、役政司、社會司，並依據行政院民國88年6月28日核定「內政部中部辦公室及臺北第二辦公室設置要點」規定，設置中部辦公室承受其業務及人員，分南投中興新村及臺中黎明新村2個辦公區辦公；及改隷內政部，設置北區、中區、南區、東區及澎湖老人之家、北區、中區及南區兒童之家、南投啟智教養院、彰化老人養護中心、雲林教養院、臺南教養院、少年之家、社會福利工作人員研習中心、土地測量局及土地重劃工程局等16個社(地)政機關及、宜蘭教養院、古坑教養院等2個籌備處。
民國88年11月20日由於社會快速變遷，傳統社會價值改變，家庭結構已遭受衝擊而應有所變革，以因應社會需要，依當時兒童福利法第6條規定，成立兒童局，掌理全國兒童福利之業務。復於民國92年兒童及少年福利法公布實施後，將少年福利業務移入兒童局統籌辦理。
民國91年3月1日為貫徹兵役與替代役制度及配合「替代役實施條例」施行，成立役政署，並將役政業務併入役政署辦理；民國91年7月將性侵害防治委員會及家庭暴力防治委員會整併為家庭暴力及性侵害防治委員會。
民國92年7月淡水紅毛城古蹟保存區移臺北縣政府管理；民國92年9月宜蘭教養院籌備處全院委外交由民間伊甸社會福利基金會辦理；民國93年3月古坑教養院籌備處之籌備工作去任務化。
民國94年11月9日為負責執行及支援空中救災、救難、救護、觀測偵巡、運輸等事項，將本部警政署空中警察隊、消防署空中消防隊籌備處、交通部民用航空局航空隊及行政院海岸巡防署空中偵巡隊整併，成立空中勤務總隊。
民國96年1月2日為統籌入出國管理、證照查驗、外僑管理、移民及國籍行政等事項之政策規劃、制度擬訂與業務執行，以確保國境安全，落實移民輔導，將內政部戶政司、警政署及其所屬機關、僑務委員會等機關、單位之相關業務整併，成立入出國及移民署。
民國96年11月16日土地測量局完成法制化，其機關名稱變更為國土測繪中心；民國97年1月1日土地重劃工程局完成法制化，其機關名稱變更為土地重劃工程處。
民國97年3月19日為辦理國民年金保險業務監理、財務稽核及保險爭議事項之審議，配合國民年金制度自同年10月1日正式開辦，內政部依據國民年金法規定，以任務編組方式成立國民年金監理會。
民國98年9月23日北區、中區、南區、東區及澎湖老人之家、北區、中區及南區兒童之家、南投啟智教養院、彰化老人養護中心、雲林教養院、臺南教養院、少年之家等13家社政機構完成法制化。