一、中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法（以下簡稱補助辦法）前於89年9月依財政收支劃分法規定訂定，係規範中央對地方之補助項目及補助比率等事項。為因應99年底部分縣（市）合併或單獨改制為直轄市之需要，行政院主計處於98年12月及99年2月分別函詢相關幕僚單位及中央相關部會，分別就補助辦法各條文提供修正意見與檢討補助項目及補助比率。
二、行政院主計處經參酌中央各主管機關所提意見，研擬完成補助辦法修正草案，嗣於99年7月27日邀集中央相關機關與各直轄市及縣（市）政府共同開會研商獲致結論，並於99年8月31日以行政院令發布修正，自100年1月1日施行。
三、謹摘要修正重點說明如下：
（一）一般性補助款之補助對象由原臺灣省20縣（市），擴大至直轄市及金門、連江兩縣，且就基本財政收支之計算內涵予以修正調整，又為賦予中央編列專款以因應法規或配合政策所需，爰新增中央對於直轄市及縣（市）政府重大事項之專案補助款。
（二）由於未來直轄市數量增加，直轄市酌予補助事項之最高補助比率將併同縣（市）按財力級次檢討調整，不另訂上限規範。又為利各級次間均衡分布，除臺北市列為第一級外，其餘改以近3年度（96至98年度）決算審定數之自有財源比率之平均值為其財力，並依序平均分列為第二級至第五級。又考量離島縣（市）政府之人口、土地面積有限且政經環境較為特殊，爰規定經前述排序列為第二級者，得改列為第三級。
（三）經依前開原則，行政院主計處於99年9月2日函知中央相關部會，100年度起（依規定須每3年檢討一次）各直轄市及縣（市）政府財力分級略以：
1.第一級：臺北市。
2.第二級：新北市、臺中市、高雄市、桃園縣。
3.第三級：臺南市、彰化縣、南投縣、新竹市、嘉義市及金門縣。
4.第四級：宜蘭縣、新竹縣、苗栗縣、雲林縣及基隆市。
5.第五級：嘉義縣、屏東縣、臺東縣、花蓮縣、澎湖縣及連江縣。