一、縣市改制直轄市預算編製及執行事宜
1.協助解決首年度預算籌編問題：行政院主計處前於98年12月21日及99年4月14日邀集相關直轄市及縣（市）政府主計處處長召開2次研商會議，業經獲致結論摘略重點如次：
（1）行政院主計處電子處理資料中心預定本年6月底前完成增置「直轄市公務預算系統」相關增修作業，並於7月底前完成教育訓練。
（2）基於參考法制面規範與前例，及考量實務面確有困難等因素，改制後首年度直轄市總預算及附屬單位預算不列示上年度預算數及前年度決算數，惟直轄市政府得另編製相同基礎之對照表，以供市議會審議預算案時之參考。
（3）請改制之縣（市）政府參照行政院頒訂「中央政府非營業特種基金存續原則」及相關法令規定，一併檢討各基金之存續。
2.改制鄉（鎮、市）預算編製及執行控管：
（1）行政院主計處於本（99）年5月25日召開之縣市改制直轄市中央籌劃小組第5次會議提案並獲致決議，請改制縣政府對所轄鄉（鎮、市）預算編製與執行，參考以下意見訂定相關規範加強控管及宣導：
A.縣政府宜加強監督所轄鄉（鎮、市）預算執行是否有異常狀況。
B.縣政府應確實依「公共債務法」規定嚴格控管鄉（鎮、市）債務，除有特殊情況專案報經縣政府核准外，不宜於年度總預算外增加債務，及增加以後年度之財政負擔。
C.鄉（鎮、市）除因業務確有需要報經縣政府核准外，其約聘（僱）人員及臨時人員均宜予以凍結。
D.鄉（鎮、市）除因業務確有需要報經縣政府核准外，不宜於其年度總預算外處分財產。
E.鄉（鎮、市）不宜於年度總預算外增加非法定社會福利給與項目。
（2）並請改制之縣政府將上述規範，列為對所轄鄉(鎮、市)99年度補助款之考核項目，對違反規範者，扣減其補助款，並就已疑有違反規範者，密切監控其不得繼續執行。
二、配合縣市改制，中央業務移撥予改制之直轄市辦理，原編列於中央各部會經費配合調整事宜：
（一）行政院主計處已於99年2月23日及99年4月30日召集各改制之縣市（含未來將準用直轄市規定之桃園縣）及相關部會研商，請各部會應就未來改制之直轄市承接各項業務所需辦理之項目內容及經費估算方式向各改制縣市妥為說明，並進一步連同業務移撥員額、時程與各改制縣市協商確認，另於99年7月15日就初步協商結果予以確認。
（二）前述協商結果報經縣市改制直轄市中央籌劃小組99年8月6日會議決議，在財劃法完成修法前，100年度依法應由改制之直轄市編列預算辦理之法定社會福利支出項目，如全民健康保險、勞工保險、農民健康保險、國民年金等保險費、老年農民福利津貼等經費中央將透過一般性補助款予以補助，請改制直轄市依法納編預算辦理，另功能調整或業務移撥之項目，其中不涉及經費隨同移轉者，實施日期為99年12月25日，如涉及經費移轉者，其實施日期為100年1月1日。另為使業務銜接不中斷，100年度仍先由中央原機關編列預算辦理，年度進行中如調整或移撥改由改制直轄市辦理者，將按中央各機關與改制直轄市雙方協商確定之數額，由中央另籌財源撥補。
（三）又行政院於99年10月11日由林政務委員政則邀集相關機關就前述功能調整與業務移撥中尚未獲處理共識之項目開會研商，會後多數項目經各機關依前述會議決議與改制直轄市再次協商後已獲致共識，有關中央業務功能調整與移撥項目、經費等將由行政院核定，未來行政院主計處將依前述行政院核定結果及改制直轄市承接中央業務情形配合撥付相關款項。