合作及人民團體司設 5 科，各科掌理事項如下：
■ 社會團體登記科
關於社會團體許可立案作業規定相關法規研修及解釋、社會團體籌組立案制度之規劃、推行、指導及監督、全國性社會團體之籌組及立案管理等事項。
■ 社會團體輔導科
關於人民團體法相關法規之研修及解釋、社會團體輔導制度之規劃、推行、指導及監督事項、全國性社會團體之輔導管理、社會團體資訊系統之規劃建置、各社會團體補助經費、查核及評鑑等事項。
■ 職業團體科
關於職業團體相關法規之研修及解釋、職業團體輔導制度之規劃、推行、指導及監督事項、全國性及省級職業團體之輔導管理、全國性職業團體評鑑表揚、辦理工商及自由職業團體聯繫會報、辦理各級人民團體主管機關輔導人員研討會、全國性職業團體資料異動更新與資訊系統建立、全國性合作及人民團體業務財團法人之輔導管理等事項。
■ 合作行政管理科
關於合作事業政策之規劃、合作法令之擬（修）訂、合作事業獎助規劃、合作事業組織及實務人員之考核獎懲、合作社場之登記與稽查、合作事業宣導、資訊管理系統之建置與管理、辦理國際合作節慶祝活動等事項；另兼辦本司綜合規劃、管考、預（概）算及決算之彙編及國會聯繫等事項。
■ 合作事業輔導科
關於儲蓄互助社法制事項、合作事業（農業、工業、消費、保險合作社及儲蓄互助社）之輔導政策規劃與執行、籌組輔導、協調目的事業主管機關、建立合作事業體系、促進社間合作、強化聯合社功能、促進國際合作交流、合作事業教育訓練與經營管理人才培訓等事項。