配合政府組織改造，本部自102年7月23日以後，原主管之全國社會福利業務劃歸衛生福利部權責，前本部社會司所屬社會團體科、職業團體科、合作行政管理科及合作事業輔導科，奉前行政院研究發展考核委員會決議，整併成立「合作及人民團體司籌備處」，掌理有關全國性人民團體及合作事業之規劃、推行、指導與監督等事項。配合本部組織調整，112年9月20日正式成立「合作及人民團體司」。本司將持續秉持落實政府低度管理、團體高度自治之施政精神，賡續推動相關法規研修、推廣人民團體資訊系統及扶植合作事業等重要政策及措施。另依農民健康保險條例規定，農民健康保險業務已於107年11月1日移由行政院農業委員會（現農業部）辦理。