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配合政府組織改造,本部自102年7月23日以後,原主管之全國社會福利業務劃歸衛生福利部權責,前本部社會司所屬社會團體科、職業團體科、合作行政管理科及合作事業輔導科,奉前行政院研究發展考核委員會決議,整併成立「合作及人民團體司籌備處」,掌理有關全國性人民團體及合作事業之規劃、推行、指導與監督等事項。本籌備處持續秉持落實政府低度管理、團體高度自治之施政精神,賡續推動相關法規研修、建置人民團體資訊管理系統等重要政策及措施。另依農民健康保險條例規定,農民健康保險業務已於107年11月1日移由行政院農業委員會辦理。