有媒體報導質疑數位身分證規劃案遲未公開，恐有黑箱疑慮，對此，內政部鄭重表示，數位身分證規劃案的重要內容都已在製卡案及系統案的對外招標文件中，載明相關規格及要求，並非無法知悉，且數位身分證是國家重大政策，政府將持續蒐整各界對於強化資安等意見，就規劃案內容加以調整後，適時對外公開，絕無黑箱作業。
內政部表示，為因應數位身分證製卡案及系統案工作的推動，委託國巨公司辦理的數位身分證規劃案，在細部規劃時已協助將重要內容提供在製卡案及系統案對外招標文件中，各界均可知悉，另為精進資安作為，已同時在各標案中敘明得標廠商須配合內政部實際需求調整工作內容，保留作業之彈性空間。
內政部指出，國巨公司辦理的數位身分證規劃案，是供內部參考之用，由於近來外界對於強化資安維護至為關切，因此，將會陸續蒐集各界對於資安所提供的建議，就規劃案內容加以調整後，適時對外公開，並在數位身分證實作過程加以落實。
內政部強調，對於數位身分證的規劃，絕對是謹慎辦理，並聽取各界意見，以強化數位身分證的資安維護工作，絕無黑箱辦理情形。