行政院研考會於98年10月7日、10月29日及11月30日邀集中央相關機關與現行及改制直轄市之縣（市）政府共召開3次會議，98年10月13日以會綜字第09822614201號書函頒訂「縣市改制直轄市中央業務功能調整處理原則」，並依據上開原則完成「依現行法規規定直轄市應辦理之業務項目表（功能調整者）」及「中央業務移撥現行及改制直轄市辦理之業務項目表（業務移撥者）」，於99年1月6日以會綜字第0992260009號函將縣市改制直轄市業務功能調整項目函送內政部（縣市改制直轄市中央籌劃小組）。