有關媒體報導五都改制後，以機要人員方式進用的區長無法可管，內政部表示，依地方制度法規定，區長承市長之命綜理區政，屬於廣義的公務人員定義，仍受公務員懲戒法、公務員服務法及公務人員請假規則等規定規範，五都區長只要違反規定，自當可以依相關規定進行懲處。另直轄市的組織管理乃屬於直轄市自治事項，直轄市政府也可以本於權責訂定相關考核辦法，來督導區長推動各項施政及請假等事宜。 日前由於新北市五股區區長張當木、中和區區長邱垂益二人，提出休假並赴大陸地區參訪之申請未准，但仍逕赴大陸地區，新北市市政府依公務員懲戒法移送監察院懲戒。經監察院調查，認為兩人所涉情節尚未達應予彈劾移付懲戒的程度，宜由新北市政府本於監督權責自行議處，並請內政部邀集相關部會及地方政府共同研商適切的因應措施。 內政部表示，依銓敘部、行政院人事行政局等機關的意見，均認為轉任的區長雖不屬於公務人員任用法及各機關機要人員進用辦法所稱之機要人員，但仍屬受有俸給的人員，屬於廣義的公務人員，應受公務員懲戒法、公務員服務法及公務人員請假規則等規定規範。 內政部指出，依地方制度法第58條第1項及第18條等相關條文規定，區長承市長之命綜理區政，直轄市組織管理是屬於直轄市的自治事項。因此，直轄市政府對於區長請假等相關人事管理事宜，及督導區長推動各項施政計畫等，均可本於地方自治權責訂定相關考核辦法。 至於監察院要求內政部邀集相關機關研議如何追究區長行政違失，以及督導新直轄市政府辦理區長的教育訓練等事，內政部將尊重監察院的意見，除將重申相關規定外，也會儘速邀集相關部會及直轄市政府共同開會研商。