99年10月6日上午內政部邀集中央相關部會及改制縣市政府召開「縣市改制直轄市中央籌劃小組」第7次會議。內政部表示，新直轄市政府、議會組織規程，行政院已於9月27日審查完畢，並在10月8日發布。內政部說明，關於新直轄市政府稅務機關的定位，因各改制縣市政府分有不同主張，有建議比照北高兩市以二級機關設置，亦有建議參照現行縣市以一級機關設置，最後行政院核定以設為一級機關為原則，並尊重地方政府組織自主權之規劃。內政部表示，行政院發布新直轄市政府、議會組織規程後，擬改制或合併改制直轄市之縣市，應據此規劃組織調整和員額移撥計畫，以期做到服務不中斷、市政無縫接軌。此外，有關以機要人員方式進用之區長，其相關權益問題，內政部已經在9月24日邀集行政院人事行政局、銓敘部等相關機關開會研商，初步規劃是，這些人員的待遇將參照簡任第10職等本俸5級人員支給俸級、專業加給及主管職務加給，並得適用公務人員相關規定，享有請假、支領休假補助、公保之權益，並得比照現行鄉（鎮、市）長辦理退職和撫卹，但不適用公務人員考績法辦理考績。上述規劃內政部將在報請行政院核定後函請各改制縣市政府配合辦理。另外，對於財政收支劃分法修正草案尚未完成立法程序，為了因應改制縣市的需要，對於100年度的中央統籌分配稅款及中央對地方財源挹注的問題，中央改制籌劃小組的財政分組與預算分組亦已有規劃配套措施，也就是在「錢跟人走」及「併同補助款只增不減」原則下，國稅統籌分配地方的比例，由現行直轄市43％、縣（市）39％，鄉（鎮、市）12％，分別調整為61％、24％及9％，並透過一般性與專案補助款挹注直轄市、縣（市）所需財源，保障其獲分配財源不低於99年度獲配水準，預估100年度地方整體所獲財源，包括中央統籌分配稅款、一般性及專案補助款等，較99年度增加615億元。另中央業務功能調整或移撥經費，估需212億元（實際移撥經費以未來中央各機關與改制直轄市協商結果為準），將由中央自100年度起再另予同額移撥，不會再增加地方財政負擔，前述615億元，如連同中央將另予撥補之業務移撥部分212億元，則中央釋出財源將達827億元。