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為落實三級品管之制度，本部依據「工程施工查核小組組織準則」規定，於91年10月25日訂定『內政部工程施工查核小組設置要點』，成立工程施工查核小組，並於104年1月27日修訂『內政部工程施工查核小組設置要點』，以因應本小組實務運作需要。

為能更有效率辦理施工查核業務，本部目前訂有『內政部工程施工查核標準作業程序』乙種，使相關作業達到標準化、制式化及表格化等，並逐步加強工程查核之功能。