有關報載國土計畫法明(114)年上路實施後，將造成原住民族土地使用受限，國土管理署嚴正澄清絕非事實，強調國土計畫法第23條規定，已將原住民族基本法精神納入，同時也是國內首部將「原住民族諮商同意機制」的空間規劃法令，優先保障原住民族既有居住權益，並分階段解決土地使用問題，以符合原住民族轉型正義及使用需求，讓傳統文化繼續傳承給下一世代。
國土管理署強調，在國土計畫法的規範下，不影響其現有使用，且賦予相關彈性，也會透過更細緻的規劃程序讓部落族人能夠參與相關討論，讓地方政府也可依據轄內土地實際使用情形，來訂定因地制宜的土地使用管制規定，以符合原住民族實際居住及生活所需。
國土管理署及原住民族委員會共同研商及訂定相關土地使用管制規則
國土管理署表示，國土計畫法政策推動的過程中，涉及原住民族土地利用議題時，均以「保障原住民族既有居住權」為優先，並持續與原住民族委員會共同討論及研商，也針對目前訂定的「原住民族土地使用管制規則」進行說明，只要符合「屬於原住民族土地」且「存有105年5月1日前的既有建物」2項要件，即可依規定申請作為住宅使用。
此外，有關地方政府曾建議要將零售、餐飲及民宿等部落生活及產業發展所需的使用項目納入輔導部分，現已請原住民族委員會評估各縣市實際需求，以納入「原住民族土地使用管制規則」中來訂定，以符合其日常生活、居住及產業發展之需求。
國土管理署最後表示，國土計畫法對於土地的管理是以「容許使用」方式來替代現有區域計畫法的「變更使用」的機制，強調國土計畫法正式上路後，未來就各種國土功能分區及分類賦予適當使用項目，可讓國土能夠因地制宜的適性發展，發揮國土保育、維護多元族群民眾居住權益及整體經濟發展。