媒體報導南投縣政府提出「希望內政部先完成相關子法修訂，保障縣民權益，否則縣府不敢送國土功能分區圖」，內政部國土管理署今（29）日表示，國土計畫法各項子法均將會在今年年底前完成審查，相關制度都在保障民眾合法權益，更可兼顧農業發展及國土保育。國土管理署呼籲南投縣府應加速將國土功能分區圖送交中央審議，透過討論機制釐清問題，才是確保民眾權益最好的方式。國土計畫法已優先保障原住民族既有居住權，並分階段解決土地使用課題，因此只有透過國土計畫整體規範及施行，目前南投所面臨的原住民地區發展困局，才可能獲得進一步解決的機會。
國土管理署指出，有關縣府提到農牧用地劃設問題，內政部均依照地方政府國土計畫來審查國土計畫功能分區圖；國土計畫是土地使用的上位指導原則，土地實際使用內容，都可透過各縣市政府完整規劃進行。國土計畫實施後，既有合法農牧用地在各種國土功能分區，均可從事農作、產銷設施、農舍等使用，興建農舍也是直接向地方政府申請，呼籲各界對於國土計畫法的討論不應混淆視聽、誤導社會大眾。