近日坊間流傳部分佛教界人士質疑宗教團體法草案內容違反宗教自由，且已經立法院二讀通過，內政部於今(19)日再次澄清該傳言內容不實，宗教團體法草案現在仍研議中，宗教團體法草案也將落實憲法保障之宗教自由，並以協助宗教團體自主發展為目標，於廣徵各方意見後再行推動立法事宜。
內政部表示，宗教團體法草案曾分別於90、91、94、97、104、105年依程序送請立法院審議，期間皆透過宗教界人士與宗教專家學者共同參與草擬，為廣納各方意見並建立共識，除於去(105)年8月再度邀集宗教代表與學者專家進行研議外，去年12月間並於北中南三區辦理3場座談會，今(106)年6月至9月也已規劃至各縣市舉行23場說明座談會，廣泛聽取各方意見。
內政部強調，宗教多元與自由的發展，是臺灣民主化過程的特色之一，政府基於輔導與協助宗教團體的立場，對於宗教內涵是絕對尊重，而宗教團體法草案的研擬，是希望讓現行宗教輔導與管理機制與現有相關法制更有效銜接，協助宗教團體實務運作更加順暢。
內政部指出，推動宗教團體法草案的核心理念，第一是考量18年訂定的「監督寺廟條例」只規範佛、道等宗教，基督教及天主教等外來宗教卻須依民法規範成立財團法人，為讓各宗教團體都能有平等基礎取得宗教法人的地位，內政部遂擬定這部適用各宗教的專法；其次，尊重宗教團體組織自主運作，讓宗教團體能將教制與傳統明訂於章程中並運作之。
此外，宗教團體法草案並非要求宗教法人財務全面公開，而是要求其財務報告要讓內部組織成員知道，如果有接受外界捐贈的情形，也要讓捐贈者可以查詢或閱覽，這樣的規劃主要是為回應社會大眾的期許，並非是政府要介入宗教事務的自主管理；同時，宗教團體法草案也提供目前1萬多家寺廟取得宗教法人資格的途徑，並解決各宗教團體長期以來面臨土地、建築物及稅負等問題，政府是基於協助立場促進宗教團體發展，而非欲嚴格控管。若登記有案寺廟無意或無法成為宗教法人，該法草案亦規定得改領寺院、宮廟證繼續運作，原有權益也繼續維持。
針對近日謠言及社群網路傳遞的錯誤訊息，內政部也特別澄清：
一、關於謠傳宗教團體法草案已完成二讀，隨時會完成三讀的說法，實際上該法草案目前內政部正持續與各界溝通中，尚未送請行政院轉請立法院審議。
二、有謠傳指出宗教活動必須政府批准；財務要列冊接受政府管理；如果3年內沒有成為宗教法人，其團體資格會被撤銷；或者是住在寺廟的人才能弘法和募款；寺廟有人犯罪，住持要連帶受罰，實際上該法草案並未如此規範，這些說法是扭曲及誤解宗教團體法草案內容。
內政部強調，各界對於宗教團體法草案的相關建言，內政部都將虛心接受，適時參採納入，期待大家能平心靜氣來瞭解宗教團體法草案內容，不要以惡意的言論刻意扭曲。內政部會在廣徵各方意見後再行推動立法事宜(請參見附檔宗教團體法草案)。