行政院因應H5N6禽流感病毒疫情，於106年2月13日成立中央災害應變中心，內政部銜命督導警政單位支援抗爭現場安全維護及交通疏導，並協助疫災區移動管制及檢疫站之攔檢工作。
內政部長葉俊榮對於防疫工作至表重視，指示警政署全力執行下列重點工作：
一、要求各警察機關，應積極配合各地方政府主管機關加強相關防疫工作。
二、各警察機關配合各地方政府防疫主管機關執行違法屠宰查緝工作。
三、各警察機關轄區內如發現有民眾任意棄置死禽，除通報防疫主管機關處理外，並主動配合追查棄置來源；員警執勤時須注意自身安全。
四、106年2月17日至2月24日全國家禽禁止移動及休宰期間，各警察機關應加強路檢攔查勤務，若發現運禽車應即通報勤務指揮中心，即時轉報當地防疫主管機關即時到場處理。
五、針對已發布禽流感確診案例之花蓮縣、臺南市、雲林縣、嘉義縣、宜蘭縣，以及養禽量大之高雄市、彰化縣、屏東縣等列為重點防疫地區，要求轄區警察局應配合主管機關相關防疫措施，強化勤務部署，積極協助查處。
從2月13日迄今，各警察機關動員警力數2萬多人次，計查獲違法屠宰家禽5件31隻、棄置死禽4件854隻、違反農委會公告禁宰禁運家禽2件。內政部持續要求各警察機關積極配合主管機關執行各項防疫措施，以防止疫情擴散，維護國民身體健康。