東沙環礁國家公園的確有發展生態旅遊的條件與潛力，但考量目前島上的基礎設施尚不足以支持發展生態旅遊，確保當地生態資源與環境之維護，內政部已責成海洋國家公園管理處先積極推動提升東沙島相關設施改善建置，再發展東沙環礁國家公園生態旅遊。
內政部表示，東沙環礁國家公園具有完整而獨特的環礁地形資源特色，海域生物多樣性高，為南海及臺灣海洋資源之關鍵棲地。東沙環礁國家公園成立之始，即定位以環境資源保育、復育及教育為主，目前海洋國家公園管理處以符合生態承載量的前提審慎評估，現階段東沙島應優先提升既有的基礎設施，及廢污水處理設施等，以減輕生態環境衝擊、提高遊憩服務品質，再據以辦理東沙島的生態旅遊，以達到東沙島永續發展之目的。