有民間團體陳情數位身分識別證(簡稱New eID)疑有程序及隱私問題，對此，內政部特別澄清，New eID經過長期規劃，相關作業均依法辦理，並著重隱私及資安的保護，民眾可自由選擇是否使用晶片內的各項功能，比紙本身分證更能保護民眾隱私及資訊自主權。
內政部表示，New eID與紙本身分證一樣，只有身分識別的用途，卡面資料比現行國民身分證更少，防偽功能較現行身分證更高，晶片資料會透過加密保護，要民眾同意輸入讀取碼或密碼，才能取用，且New eID只是單純作為身分辨識的鑰匙，將國民身分證結合自然人憑證，民眾可選擇自然人憑證是否停用、復用或廢止，各機關將來所推出各種的應用服務，民眾也有權選擇要不要使用。
內政部指出，New eID卡面上已有身分證統一編號、姓名、出生日期及相片等最基礎的個人資料，查驗國民身分證機關，如依這些資料已足夠確認當事人身分，便不必使用晶片功能，不會強制要求民眾使用電子化服務。公、私部門若要使用民眾個人資料，也均受到個人資料保護法的規範，應盡資料保護之責。
內政部說，戶籍法已賦予New eID製發的依據，在個人隱私、資訊安全的保護方面，透過個人資料保護法、資通安全管理法、電子簽章法等法規，可建構綿密的保護網，會在這些法律基礎上進行製發及應用，無需再另訂專法。
此外，現行使用紙本身分證辦理任何服務，是否會留下紀錄，均取決於提供服務的機關，其依法不得做「目的外之利用」，內政部也沒有蒐集這些紀錄，將來New eID也是在保護個資運用的法律框架下，任何目的外之利用，均受到嚴格限制，比紙本身分證更保護民眾隱私及資訊自主權。
對於外界質疑中央印製廠未經公開招標程序，內政部也再次澄清，New eID有系統面及製卡面併行處理，基於安全考量，製卡面依採購法，標案屬專屬權利、獨家製造，沒有其他合適的替代標的者，採限制性招標，由中央印製廠進行卡片材料及製卡設備採購作業，完全符合政府採購法的規定。
後續還有New eID的系統面，內政部指出，這會建置於內政部的安全管理機房中，要等細部規劃完成後，另對外招標，細部規劃報告正由外部專家學者審查中，內政部將於審查修正完竣後，適時對外公開，未來各項作業也將依照細部規劃的內容進行。
對於外界質疑106年曾委由政治大學舉行公民審議的會議紀錄被移除網站，內政部也解釋，公民審議的意見已納入後續的規劃考量，因時空變遷，實際規劃內容已有調整，為避免民眾混淆，因此於去(107)年關閉該區網路資料，以確保提供民眾最新正確資訊。
內政部解釋，New eID經過長達六年的研議與討論，並非倉促上路。從102年起即針對國民身分證及自然人憑證之結合進行研究，104年研議推動晶片身分證的具體作法，辦理委託研究、座談會、國際研討會、工作坊等與各界溝通交流並蒐集意見，至107年國發會於行政院提報智慧政府藍圖，揭示New eID為智慧政府之基礎建設，僅結合自然人憑證，單純做身分識別，與個資蒐集、處理、利用脫鉤，據此原則進行細部規劃。
內政部強調，發行New eID是順應數位化國際潮流並與世界接軌，並在多年審慎研議下所推出，一切均符合作業程序及法律規定，會在強化個資及資安保護之下，讓民眾能迎合時代，享受智慧政府各項便利服務。