民初民政部門之建立源於民國元年8月，依參議院決議修正並由臨時大總統公布之內務部官制，分設總務廳及民治、職方、警政、土木、禮俗、衛生等6司，掌理地方行政、選舉、國籍、戶籍、自治團體、徵兵、社會救濟、行政區劃、警政、禮制、公共工程及公共衛生等事項，其中民治司即掌理地方行政、選舉、國籍、戶籍、自治團體、徵兵、社會救濟等業務。民國2年12月將6司歸併為民治、警政、職方、考績4司，民治司增辦禮俗業務，民國3年7月復增設典禮司，民治司禮俗業務析出，直至民國16年未再變更。 民國17年國民政府定都南京，內政部於同年4月成立，依組織法規定設秘書處及民政、土地、警政、衛生等4司，職掌大致仍舊，同年10月國民政府組織法公布，12月修正之內政部組織法分設總務、統計、民政、土地、警政、禮俗6司，其後內政部組織法多次修正，民政司在歷次修正均未變動，而禮俗司於民國38年併入民政司，成為民政業務之一部；戶政司在民國31年分民政司全國人口行政之業務增設，38年復併入民政司，43年再回復設司。民國44年為加強兵役行政，復增設役政司，分民政司之業務。至此中央民政業務，經納入禮俗業務，析出戶政、役政業務而成定制。
民政司業務從45年以後，以掌理地方行政、自治團體、選舉、祭祀宗教、禮儀民俗及古蹟名勝等業務，69年公職人員選舉罷免法制定，中央選舉委員會成立，民政司之選舉業務，保留選舉制度部分，而將選舉事務部分移由中選舉委員會辦理。70年3月2日營建署成立，原由民政司辦理之國家公園業務，移由營建署辦理。76年7月為落實憲法保護扶植邊疆地區各民族之規定，加強辦理山地行政業務，增設山地行政科辦理原住民行政業務，該科科名於83年12月配合憲法修改「山胞」為原住民之名稱，更改原住民行政科。78年人民團體法修正增列政治團體後，民政司增加政黨及全國性政治團體之業務，民國85年12月行政院原住民委員會成立，原住民行政業務移由該會辦理，司內原住民行政科裁撤人員隨同移撥。
民國88年7月1日配合臺灣省政府組織功能與業務調整，原臺灣省政府民政廳業務及人員整併本司，成為本司中部辦公室。為充分借重原省政府同仁業務執行之長才，並分擔臺北司本部人力不足之窘境，經多次檢討臺北本部與中部辦公室之分工，而成為9科之運作分工。94年2月5日修正公布文化資產保存法，古蹟及民俗業務之中央主管機關改為行政院文化建設委員會，該法經行政院94年10月31日院臺文字第0940051650B號函定自94年11月1日施行，配合古蹟及民俗業務自該日起移撥至行政院文化建設委員會，並因應殯葬管理條例公布後，殯葬管理業務日益增加之需要，爰將殯葬業務由禮儀民俗業務中抽出，將史蹟維護科變更為殯葬管理科，禮儀民俗科正名為禮制行政科，仍維持9科之運作機制。
內政部組織法於112年6月9日修正，為提升宗教、殯葬與禮制等業務政策規劃能力與執行能力，突顯我國對多元宗教團體之重視，原於民政司下之宗教輔導、殯葬管理及禮制行政等業務分出，於同年9月20日成立宗教及禮制司，原民政司則設置地方制度科、行政區劃科、地方建設科、公民參政科、政黨輔導科以及轉型正義權利回復科共6科。
民國106年12月27日政府公布《促進轉型正義條例》，107年5月促進轉型正義委員會成立，執行轉型正義相關之法定任務，於111年5月提出《任務總結報告》後依法解散，國家應辦理之轉型正義事項交由各中央主管機關承接，本部依法為清除威權象徵事項之主管機關；另111年7月行政院復指定本部為《威權統治時期國家不法行為被害者權利回復條例》之主管機關，並為財團法人威權統治時期國家不法行為被害者權利回復基金會之目的事業主管機關，辦理有關人民於威權統治時期因國家不法行為受損權利之回復事宜，兩項轉型正義相關業務納入禮制行政科規劃辦理。為因應轉型正義業務之需要，並配合組織改革，爰整合威權象徵處置、被害者權利回復，及財團法人二二八事件紀念基金會之輔導及二二八國家紀念館之經營管理等相關業務，設立轉型正義權利回復科。