針對嘉義縣市、新竹縣市合併議題，內政部指出，為因應國土空間發展需要，已積極推動行政區劃法立法工作，在該法未完成立法前，縣（市）行政區域合併尚無法源依據，現階段建議地方政府強化區域聯合治理的模式，擴大地方治理規模發展。
內政部表示，依地方制度法第7條規定，除縣（市）改制或與其他直轄市、縣（市）行政區域合併改制為直轄市者，依該法規定外，其餘行政區劃調整依法律規定行之。為因應國土空間發展需要，建構公平、合理之行政區劃程序，行政區劃法曾於101年函送立法院審議，惟未能完成立法，內政部已重新檢討該法草案，並持續透過各種方式蒐整社會各界看法及地方意見，作為推動立法之論據。至於縣市合併改制直轄市，依地方制度法第4條規定，人口聚居須達125萬人以上，且須在政治、經濟、文化及都會區域發展上，有特殊需要之地區得設直轄市，嘉義縣市、新竹縣市尚未達到法定改制直轄市的條件。
內政部進一步說明，縣市行政區域之合併，涉及區域及國家整體發展，除須考量財政因素，更應由人口規模、資源合理分配、族群文化、產業發展、都會區、生活圈、選舉區劃分等面向進行總體評估，會持續蒐集各方意見，並配合行政區劃法立法及未來國土空間整體規劃，於地方獲致共識基礎下，協助地方政府推動行政區劃調整。而現階段考量嘉義縣、嘉義市及雲林縣已於104年設立「雲嘉嘉聯合治理會報」，桃園市、新竹縣、新竹市及苗栗縣已於105年成立「桃竹竹苗區域治理平台」，作為跨區域事務之溝通機制，建議地方政府間持續強化現有區域聯合治理機制運作效能，促進區域行政資源整體規劃運用。