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行政院院長吳敦義今（29）日在立法院接受立法委員質詢時表示，政府同意達賴喇嘛來台是行使國家主權，播放熱比婭紀錄片是捍衛言論自由，拒絕熱比婭來台是考慮國家利益。
內政部長江宜樺也在答詢時說明，政府從來沒有說過熱比婭是恐怖份子，也沒有指控「世界維吾爾代表大會」是恐怖組織。內政部決定拒絕熱比婭入境的主要理由，是為了維護台灣的國家利益。由於世界維吾爾代表大會的某些成員與兩個國際恐怖組織有密切關係，所以政府基於審慎考量，決定不許可熱比婭入境。
江部長表示，內政部在此個案所引用的根據是「入出國及移民法」第18條第1項第13款：「有危害我國利益、公共安全或公共秩序之虞」，而不是第15款：「有從事恐怖活動之虞」。據了解，熱比婭所領導的「世界維吾爾代表大會」（簡稱世維會）與「東突解放組織」（Eastern Turkistan Liberation Organization, ETLO）、「東突伊斯蘭運動」（Eastern Turkistan Islamic Movement, ETIM）關係密切，而該二組織為國際上認定的恐怖主義組織。
世維會的秘書長多里坤．艾沙（Dolkun Isa, 又名Dolkun Aysa）具有ETLO成員身分，同時也是國際刑警組織發布紅色警戒通報查緝之對象。他在2009年9月15日曾企圖由仁川國際機場進入南韓，但被該國政府拒絕入境，並留置二日後遣出。
江部長表示，根據國安局情報資訊顯示，今年7月高雄世運會籌辦期間，多里坤．艾沙等15人曾企圖入境，威脅中國大陸選手人身安全，故移民署將之列為管制對象。9月28日刑事警察局透過駐外單位再度向國際刑警組織查證，確認艾沙為紅色通報對象。
早在2002年8月27日，美國就將ETIM列為恐怖組織，並凍結該組織領袖在美國的資產。2002年9月，聯合國亦以SC/7502號函通報ETIM為恐怖組織。此外，俄羅斯、中國大陸、哈薩克、吉爾吉斯等國也認定ETIM為恐怖組織。
根據美國國務院向國會提出的報告書，ETLO主席Mehmet Emin Hazret曾於2003年宣示，為了對抗中國壓迫維吾爾人，將以軍事武裝方式來達成追求東突獨立之目標。
內政部強調，政府保障言論自由，因此並未禁止播放熱比婭的紀錄片，至於禁止熱比婭入境則是基於維護國家利益的審慎考量。雖然有些國家允許熱比婭入境，但各國的國家利益考量不同，我國並沒有義務准其入境。