今(25)日有媒體報導自救會長陳致曉在今(107)年9月19日內政部土地徵收審議小組會議審議臺南鐵路地下化徵收案時，提出「2017年10月20日『兩公約第二次國家報告國際審查會議』要求我國說明，當天到場的內政部次長林慈玲說，土地徵收審議委員不知道如何審理『公益性、必要性』，所以要舉辦行政聽證」。對此，內政部特別澄清，依國際審查會會議紀錄及錄音檔還原，陳致曉先生發言內容與實際明顯不同，嚴重誤導視聽。
內政部說明，為慎重回應處理兩公約第二次國家報告國際審查會議結論性意見與建議，於去(106)年10月20日邀請總統府人權諮詢委員會委員及民間團體召開「兩公約第二次國家報告國際審查會議結論性意見與建議第38、39、40點次審查會議」，會中係先由內政部說明，再請各審查委員及NGO團體代表（包含惜根臺灣協會代表陳致曉先生等）提出意見，最後由主席林慈玲回應及作成結論。
內政部指出，次長林慈玲在會上針對民間團體所提徵收公益性及必要性審查機制相關意見，主要是說明內政部已就徵收公益性及必要審查事項召開會議及訂定審查規定。此外，另有委請專家學者進行研究討論，期使實質審查機制作的更好。絕無陳致曉先生所說「土地徵收審議委員不知道如何審理『公益性、必要性』」等發言。在今年9月19日內政部土地徵收審議小組會議審議臺南鐵路地下化徵收案時，次長林慈玲亦已當場回應並不可能有此發言。
內政部最後表示，有關土地徵收公益性及必要性應評估與審查事項，於土地徵收條例第3條之2已有明定應就社會、經濟、文化與生態、永續發展等因素進行評估，內政部並已具體規定徵收公益性及必要性應審查事項。需地機關除在舉辦公聽會時，必須向民眾詳予說明外，並需在申請徵收計畫書中具體評估分析；而土地徵收審議小組審議徵收案件時，更將就徵收公益性及必要性審慎審查。
另外針對報導所提南鐵徵收案協議不成比例高達7成，未實質協議價購等。內政部表示南鐵地下化東區及北區工程徵收案，交通部鐵道局於申請徵收前均已依規定辦理土地建物查估及舉辦協議價會議，並與臺南市政府逐戶拜訪，經協議價購取得私有土地面積比例分別達66%及68%，一併澄清說明。
106年10月20日『兩公約第二次國家報告國際審查會議結論性意見與建議第38、39、40點次審查會議』林慈玲回應錄音逐字稿：
「有NGO團體提到公益性及必要性的審查空泛，那事實上，我們在公益性及必要性的怎麼樣去審查，其實也開過幾次會議，作了有些相關規定，但是又有人覺得，我們的規定還是不夠，所以，我們也有請專家學者，針對公益性及必要性的審查如何讓它更具體，也在幫我們進行研究，也就是跟大家報告說，公益性跟必要性的審查，坦白說不待我們修法，在實務執行面，實質審查機制如何作的更好，我們都在進行當中，那這個部分我們也會再持續更虛心的討論。」